یکی از مشکلات شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور به علت نوپا بودن و نوع فعالیت‌ها، عدم اعتبار کافی نزد بانک‌ها از یک سو و همچنین عدم آشنایی کافی بانک‌ها با فعالیت‌های فناورانه برای صدور ضمانتنامه مورد نیاز آنان از سوی دیگر می‌باشد. صندوق‌های پژوهش و فناوری با توجه به اختیارات قانونی خود (اساسنامه مصوب هیأت وزیران، بخشنامه ابلاغی دستورالعمل بند خ ماده ۴ آیین نامه تضمین معاملات دولتی) انواع ضمانتنامه مورد نیاز شرکت‌های فعال در حوزه فناوری را با پذیرش ریسک و با شرایط بسیار تسهیل شده صادر می‌نمایند.
به گزارش روابط عمومی صندوق پژوهش و فناوری سلامت ثامن صدور ضمانتنامه از سوی این صندوق برای شرکت‌های دانش‌بنیان و فناور در هر حوزه‌ای فعال می‌باشد.
موضوع صدور انواع ضمانت‌نامه‌ها از سوی صندوق‌های پژوهش و فناوری (که هم‌تراز ضمانت‌نامه‌های بانکی درنظر گرفته می‌شود) از سوی معاون وقت امور شرکت‌ها بنیاد بهره‌وری موقوفات آستان قدس رضوی به تمامی شرکت‌ها و موسسات تابعه آن بنیاد ابلاغ گردیده است.
